Pada 11 Agustus 2008, John Kei ditangkap bersama adiknnya, Tito Refra, oleh Densus 88 di Kota Tual, Maluku Tenggara (Kompas edisi 12 Agustus 2008).

Mereka divonis delapan bulan penjara oleh Pengadilan Negeri Surabaya karena menganiaya dua pemuda, Charles Refra dan Remi Refra.

Akibat penganiayaan tersebut, jari kedua pemuda itu putus.

3. Peristiwa 'Ampera Berdarah', 2010

Lagi-lagi nama John Kei menjadi sorotan lantaran para loyalisnya membuat keributan pada 4 April 2010.

Massa John Kei bentrok di klub Blowfish dengan massa Thalib Makarim dari Ende, Flores.

Perseteruan antara massa dari Flores dengan loyalis John kembali terjadi saat persidangan kasus Blowfish digelar di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan pada tanggal 29 September 2010.

Bentrokan tersebut disertai dengan suara tembakan dan dikenal dengan peristiwa 'Ampera Berdarah'.

Akibat peristiwa itu, dua kelompok John Kei tewas, dan adiknya, Tito, mendapat luka tembak nyaris masuk ke jantung tapi berhasil selamat.

4. Pembunuhan Tan Harry Tantono alias Ayung, 2012

Terakhir kali John Kei dipenjara disebabkan kasus pembunuhan Tan Harry Tantono alias Ayung.

Dikutip dari Tribunnews.com, nyawa Ayung dihabisi di sebuah kamar hotel 2701 di kamar Swiss-Belhotel, Sawah Besar pada 27 Januari 2012 lalu.

Mahkamah Agung (MA) pun menjatuhi hukuman kepada John Kei atas kasus pembunuhan tersebut menjadi 16 tahun, dua tahun lebih lama dari tuntutan jaksa.

Pada 2014, John Kei dipindah dari Rumah Tahanan Negara Salemba Jakarta ke Lapas Permisan Nusakambangan, Cilacap, Jawa Tengah.

5. Kerusuhan di dalam Lapas Nusakambangan, 2017